- Хромосомный микроматричный анализ (ХМА), также известный как arrayCGH, представляет собой диагностический тест, который может обнаруживать клинически значимые крупные хромосомные аномалии (анеуплоидии) и субмикроскопические вариации числа копий (микроделеции/ микродупликации) на протяжении всего генома.
- Хромосомный микроматричный анализ – золотой стандарт для обнаружения делеций и дупликаций во всем геноме.
- ХМА обеспечивает субмикроскопическое разрешение, позволяющее визуализировать аномалии, недетектируемые при стандартном кариотипировании. Чувствительность исследования зависит от количества используемых молекулярных зондов и их покрытия генома. Чем больше количество маркеров (300K, 850K), тем выше чувствительность теста.
Общая информация
ХМА может обнаружить:
- Небольшие хромосомные микроделеции и дупликации
- Вариации числа копий
- Хромосомные анеуплоидии
- Несбалансированные перестройки
- Протяженные участки потери гетерозиготности
- Предполагаемый риск наследования рецессивного заболевания или заболеваний геномного импринтинга
- Триплоидии и тетраплоидии
- Мозаицизм более 20-30%
ХMA может быть предложен на этапе планирования ребенка при наличии одного или нескольких из следующих показаний:
- При наличии ребенка с заболеванием, имеющего нормальный кариотип или результаты полноэкзомного секвенирования (WES), но с подозрением на генетическую патологию.
- Для подтверждения, является ли вариация количесва копий, обнаруженная у больного ребенка, унаследованной от родителей или возникшей de novo.
Стандартное (конституциональное) кариотипирование обоих родителей всегда рекомендуется при подозрении на наличие сбалансированной хромосомной перестройки (например, при привычном невынашивании беременности, бесплодии и т. д.)
ХMA предлагается на пренатальном этапе при наличии одного или нескольких из следующих показаний:
- Наличие УЗ-маркеров хромосомной патологии плода
- Результаты НИПТ указывают на повышенный риск хромосомных аномалий плода.
- Повышеный риск хромосомной патологии плода по результатам биохимического скрининга.
- Наличие у родителей сбалансированной хромосомной перестройки, мозаицизма или анеуплоидий в предыдущих беременностях.
- Родители ранее имели живых или мертворожденных детей с хромосомными аномалиями.
- Врожденные аномалии плода, обнаруженные с помощью УЗИ или МРТ, которые указывают на значительный риск несбалансированной хромосомной аномалии.
- Наличие вероятно сбалансированных унаследованных перестроек у плода с врожденными аномалиями.
- Наличие вероятно сбалансированных перестроек, возникших de novo, обнаруженных при стандартном кариотипировании.
ХМА рекомендуется в детском или во зрелом возрасте при наличии одного или нескольких из следующих показаний:
- Если у пациента или плода имеются множественные врожденные аномалии, нехарактерные для четко идентифицированного генетического синдрома.
- Если при стандартном кариотипировании не обнаружено изменений, а фенотип пациента указывает на хромосомную патологию.
- Если у пациента или плода наблюдается несиндромальная задержка развития или умственная отсталость
- Если у пациента наблюдается расстройство аутистического спектра.
- Если плод имеет множественные пороки развития или происходит мертворождение неизвестной этиологии.
ХMA можно использовать в тех случаях, когда другие тесты не смогли поставить диагноз, особенно при наличии одного или нескольких из нижеперечисленных симптомов или состояний:
- Судорогои неясной этиологии
- Задержка роста
- Психиатрическое заболевание
- Нервно-мышечные заболевания
- Скелетная дисплазия
- Невысокий рост
- Высокий рост
- Микроцефалия
- Макроцефалия
- ХМА может быть предложен для анализа абортивного материала в случае самопроизвольного выкидыша или неразвивающейся беременности.
Заключения и результаты исследования
В Igenomix доступны различные типы ХМА:
ХМА CytoSNP-850K (самый чувствительный тест)
- Количество SNP-маркеров – 850.000
- Рекомендован для постанальной диагностики
- Покрытие всего генома.
- Может обнаруживать участки потери гетерозиготности, однородительсткие дисомии, низкий уровнь мозаицизма, нарушения плоидности.
- Марица самой высокой плотности.
ХМА CytoSNP-12 (лучшее соотношение цены и качества)
- Количество SNP-маркеров – 300.000
- Рекомендован для пренатальной диагностики и анализа постабортного материала
- Акцент на клинически значимы регионы
- Может обнаруживать участки потери гетерозиготности, однородительсткие дисомии, низкий уровнь мозаицизма, нарушения плоидности.
Типы биологических образцов
Следующие типы образцов принимаются для генетических тестов Igenomix. Необходима тщательная маркировка пробирки с уникальной идентификационной информацией, неправильная маркировка может привести к отказу от проведения исследования. Минимальная необходимая информация для идентификации и принятия образца: полное имя пациента, дата рождения, пол и номер медицинской карты.
- Образец материнской крови должен быть отправлен вместе абортивным материалом, ворсинами хориона и амниотической жидкостью.
- Приоритет будет отдан всем пренатальным образцам.
Форма «Информированного согласия» и «Навправление на исследование» (входящие в комплект документов) должны быть должным образом заполнены, подписаны пациентом и отправлены вместе с образцами в лабораторию.
Методология
Делеции размером менее 50 КБ и дупликации менее 400 КБ могут быть не рассмотрены. Об обнаруженных вариациях числа копий (CNV) сообщается, когда обнаруживается явная или предполагаемая клиническая значимость; CNVs, несодержащие соответствующих генов или зарегистрированные в базах нормальных вариаций копий, могут не сообщаться. Об участках гомозиготности сообщают, когда один LCSH превышает 8-15 Мб (в зависимости от хромосомного положения и вероятности наличия заболевания геномного импринтинга) или когда общая доля аутосомных LCSH превышает 3% (учитываются только аутосомные LCSH более 3 Мб). Координаты обнаруженного дисбаланса приведены относительно сборки 38 NCBI (hg38).
Результаты тестов интерпретируются на основе рекомендаций и руководств American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) and the Clinical Genome Resource (ClinGen). Возможные варианты описаны ниже:
- Положительный результат указывает на то, что обнаруженная вариация числа копий связана с изучаемым фенотипом заболевания. Этот сценарий позволяет провести генетическое консультирование и предоставить руководство относительно возможных методов лечения, прогрессирования заболевания, репродуктивных/профилактических стратегий и потенциальных последствий для других членов семьи.
- Отрицательный результат указывает на то, что в проведенном тесте не было выявлено вариаций числа копий, вызывающих болезнь. Это не гарантирует, что пациент будет здоровым или не будет иметь других генетических нарушений или заболеваний. Кроме того, отрицательный результат не исключает генетическую причину заболевания и не устраняет риск для будущего потомства. Однако, если получен отрицательный результат теста и известно, что рассматриваемый вариант присутствует у других членов семьи с заболеванием, это исключает диагноз этого генетического нарушения у пробанда. Отрицательный результат может быть объяснен несколькими причинами, в том числе ограниченными генетическими знаниями и ограничениями, связанными с используемой методологией.
- Обнаружение варианта с неизвестной клинической значимостью указывает на то, что было обнаружено изменение числа копий, но в настоящее время неизвестно, связана ли эта CNV с генетическим нарушением или заболеванием. Вариант с неизвестной клинической значимостью – это не то же самое, что положительный результат, и не проясняет, находится ли пробанд в группе повышенного риска развития генетического нарушения или заболевания.
- Изменение может быть нормальным генетическим вариантом или вызывать болезнь. Может быть рекомендовано дальнейшее обследование, включая тестирование обоих родителей, а также других членов семьи с проялениями заболевания и без них. Иногда для подтверждения фенотипа пробанда необходимо проведение дополнительных тестов. Для уточнения результата могут потребоваться подробные медицинские записи или информация от других членов семьи.
- Интерпретация результатов основана на доступной в настоящее время информации в медицинской литературе, исследованиях и научных базах данных. Поскольку литература, медицинские и научные знания постоянно обновляются, новая информация, которая станет доступной в будущем, может заменить или дополнить информацию, которую Igenomix использовала для интерпретации результатов. Повторный анализ результатов в ранее выданных заключениях с учетом новых доказательств обычно не проводится, но доступен по запросу.
Ограничения исследования
- ХМА не обнаруживает:
- Сбалансированные хромосомные перестройки (сбалансированные транслокации, инверсии)
- Небольшие изменения в последовательности отдельных генов (точечные мутации)
- Крошечные дупликации и делеции сегментов ДНК в одном гене (например, синдром ломкой Х-хромосомы)
- Изменения метилирования
- Мозаицизм менее 20%