ХMA может быть предложен на этапе планирования ребенка при наличии одного или нескольких из следующих показаний:

• При наличии ребенка с заболеванием, имеющего нормальный кариотип или результаты полноэкзомного секвенирования (WES), но с подозрением на генетическую патологию.
• Для подтверждения, является ли вариация количесва копий, обнаруженная у больного ребенка, унаследованной от родителей или возникшей de novo.

Стандартное (конституциональное) кариотипирование обоих родителей всегда рекомендуется при подозрении на наличие сбалансированной хромосомной перестройки (например, при привычном невынашивании беременности, бесплодии и т. д.)

ХMA предлагается на пренатальном этапе при наличии одного или нескольких из следующих показаний:

• Наличие УЗ-маркеров хромосомной патологии плода
• Результаты НИПТ указывают на повышенный риск хромосомных аномалий плода.
• Повышеный риск хромосомной патологии плода по результатам биохимического скрининга. 
• Наличие у родителей сбалансированной хромосомной перестройки, мозаицизма или анеуплоидий в предыдущих беременностях.
• Родители ранее имели живых или мертворожденных детей с хромосомными аномалиями.
• Врожденные аномалии плода, обнаруженные с помощью УЗИ или МРТ, которые указывают на значительный риск несбалансированной хромосомной аномалии.
• Наличие вероятно сбалансированных унаследованных перестроек у плода с врожденными аномалиями.
• Наличие вероятно сбалансированных перестроек, возникших de novo, обнаруженных при стандартном кариотипировании.

ХМА рекомендуется в детском или во зрелом возрасте при наличии одного или нескольких из следующих показаний:

• Если у пациента или плода имеются множественные врожденные аномалии, нехарактерные для четко идентифицированного генетического синдрома.
• Если при стандартном кариотипировании не обнаружено изменений, а фенотип пациента указывает на хромосомную патологию.
• Если у пациента или плода наблюдается несиндромальная задержка развития или умственная отсталость
• Если у пациента наблюдается расстройство аутистического спектра.
• Если плод имеет множественные пороки развития или происходит мертворождение неизвестной этиологии.

ХMA можно использовать в тех случаях, когда другие тесты не смогли поставить диагноз, особенно при наличии одного или нескольких из нижеперечисленных симптомов или состояний:

• Судорогои неясной этиологии
• Задержка роста
• Психиатрическое заболевание
• Нервно-мышечные заболевания
• Скелетная дисплазия
• Невысокий рост
• Высокий рост
• Микроцефалия
• Макроцефалия

• ХМА может быть предложен для анализа абортивного материала в случае самопроизвольного выкидыша или неразвивающейся беременности.